হত্যাকাণ্ডের ঘটনায় শেরে বাংলা নগর থানায় মামলা করেন রুনির ভাই নওশের আলম। প্রথমে মামলাটি তদন্ত করে শেরে বাংলা নগর থানা পুলিশ। পরে তদন্তভার ঢাকা মহানগর পুলিশের (ডিএমপি) গোয়েন্দা বিভাগের (ডিবি) কাছে হস্তান্তর করা হয়।
তদন্তের দায়িত্ব পাওয়ার ৬২ দিনের মাথায় ২০১২ সালের ১৮ এপ্রিল হাইকোর্টে ব্যর্থতা স্বীকার করে ডিবি। এরপর তদন্তের দায়িত্ব যায় র্যাবের কাঁধে। দীর্ঘ ১২ বছর ধরে র্যাব হত্যাকাণ্ডটির তদন্ত করে এলেও গত বছরের ৩০ সেপ্টেম্বর তাদের এই দায়িত্ব থেকে সরিয়ে দেয় উচ্চ আদালত। রাজনৈতিক পটপরিবর্তনের পরিপ্রেক্ষিতে সেদিন বিচারপতি ফারাহ মাহবুব ও বিচারপতি মুহাম্মদ মাহবুব উল ইসলামের হাইকোর্ট ডিভিশন বেঞ্চ এক আদেশে বলে, সাগর সরওয়ার ও মেহেরুন রুনি হত্যা মামলার তদন্ত এখন থেকে একটি উচ্চ ক্ষমতাসম্পন্ন টাস্কফোর্স করবে, যা স্বরাষ্ট্র মন্ত্রণালয়ের মাধ্যমে গঠিত হবে।
সাগর-রুনি হত্যা মামলার তদন্ত চেয়ে করা রিট আবেদনের আদেশ সংশোধন চেয়ে রাষ্ট্রপক্ষের আবেদনের পরিপ্রেক্ষিতে উচ্চ আদালত এই আদেশ দিয়েছিল। গত ২৩ অক্টোবর সাগর সরওয়ার ও মেহেরুন রুনি হত্যা মামলার তদন্তে উচ্চ আদালতের নির্দেশে টাস্কফোর্স গঠন করেন সরকার। চার সদস্যের এই টাস্কফোর্সের আহ্বায়ক হিসেবে থাকছেন পুলিশ ব্যুরো অব ইনভেস্টিগেশনের (পিবিআই) প্রধান।
মামলার আসামিরা হলেন, রফিকুল ইসলাম, বকুল মিয়া, মাসুম মিন্টু, কামরুল ইসলাম ওরফে অরুন, আবু সাঈদ, সাগর-রুনির বাড়ির দুই নিরাপত্তারক্ষী—পলাশ রুদ্র পাল ও এনায়েত আহমেদ এবং তাদের বন্ধু তানভীর রহমান খান। এদের মধ্যে তানভীর ও পলাশ জামিনে রয়েছে। বাকিরা কারাগারে আটক রয়েছেন।
